|
|
Chemie lineárních polynitraminů
Teplá, Romana ; Bednařík, Karel (oponent) ; Friedl, Zdeněk (vedoucí práce)
Práce je zaměřena na chemii lineárních polynitraminů, jejich fyzikálně-chemické a výbušinářské vlastnosti s ohledem na možnosti jejich přípravy a oblasti použití jako energetických plastifikátorů tuhých propelentů a jako přísady do bezdýmých prachů. Použití lineárních polynitraminů jako plastifikátorů nebo energetických pojiv je ovlivňováno teplotou tání, která roste s počtem C-N(NO2)-C skupin v molekule energetického materiálu. Lineární polynitraminy s nižší teplotou tání se používají jako plastifikátory tuhých propelentů a přísady do bezdýmých prachů. Lineární polynitraminy s delším řetězcem a odpovídající vyšší teplotou tání jsou potenciálně použitelné jako pojiva, případně energetické složky raketových propelentů.
|
|
|
Molekulární detekce původců cerkáriové dermatitidy
Procházka, Jan ; Leontovyč, Roman (vedoucí práce) ; Baláž, Vojtech (oponent)
Lidská cerkáriová dermatitida je svědivé kožní onemocnění způsobované larválními stádii ptačích motolic, v ČR nejčastěji způsobované rodem Trichobilharzia. Monitoring jejich výskytu je od roku 2021 součástí povinného sledování kvality koupacích vod. Oficiálně používanou metodou detekce je sběr a vyšetřování vodních plžů. Tato metoda má však mnoho nevýhod v podobě vysoké časové náročnosti, nízké citlivosti a obtížné determinace parazitů. Alternativu by mohly poskytnout molekulární metody založené na filtraci environmentální DNA (eDNA) společně s metodami izotermální amplifikace, a to díky jejich nižším časovým nárokům, vysoké citlivosti a přesné determinaci. Cílem této práce bylo vytvořit metodu detekce původců cerkáriové dermatitidy založenou na izotermální amplifikaci cLAMP a filtraci eDNA z vody. Za tímto účelem byla pomocí molekulární analýzy vybrána konzervovaná sekvence pro rod Trichobilharzia, na jejímž základě byla navržena sada primerů pro cLAMP. Bylo potvrzeno, že navržená esej specificky amplifikuje DNA minimálně čtyř druhů rodu Trichobilharzia. Na základě laboratorních pokusů byla potvrzena dostatečná senzitivita eseje pro použití při detekci eDNA, a to jak na ředících řadách DNA, tak v kombinaci s filtrací eDNA živých cerkárií z vody. Po pokusech v laboratorních podmínkách byla esej...
|
|
|
Biodiverzita myxozoí v přehradní nádrži Římov zjištěná analýzou environmentální DNA
BÜRGEROVÁ, Monika
Myxozoa představují rozmanitou skupinu mikroskopických endoparazitů, kteří infikují převážně ryby. V současnosti zahrnují více než 2600 popsaných druhů. Navzdory vysokému počtu popsaných druhů, zůstává jejich diverzita stále dostatečně neprozkoumána a podhodnocena. Detekce a sledování myxozoí v dosud neprozkoumaných oblastech může odhalit klíčové patogeny spojené s úhynem ryb a objevit biodiverzitu rybomorek. Tato práce se zabývá rozmanitostí parazitů v přehradě Římov, s důrazem na jejich detekci pomocí environmentální DNA (eDNA). Porovnání zjištěné diverzity na různých místech a v různých environmentálních vzorcích v přehradní nádrži Římov odhalilo zajímavé výsledky abundance a počtu OTUs v rámci jednotlivých linií myxozoí. Tato diplomová práce zdůrazňuje důležitost analýzy eDNA při detekci patogenů a posuzování biodiverzity myxozoí.
|
|
|
Metabarcoding and environmental sequencing projects
Kandaurova, Ekaterina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Poláková, Kateřina (oponent)
Práce se zaměřuje na využití metabarcodingu v projektech odhalujících biologickou diverzitu a jeho aplikace v různých biologických oborech. Práce shrnuje principy a představuje základní pracovní postup v metabarcodingu, včetně výběru konkrétních molekulárních markerů pro různé skupiny organismů a bioinformatického zpracování dat. Práce rovněž diskutuje limity metabarcodingu, jako jsou nedostatečná standardizace, "primer bias" nebo cílení na metabolicky neaktivní organismy, a potenciální strategie pro překonání těchto překážek. Praktické využití metabarcodingu je demonstrováno na příkladech projektů zaměřených na sekvencování, jako jsou Human Microbiome Project nebo expedice TARA Oceans. Potenciál využití metabarcodingu pro výzkumné účely je diskutován z pohledu paleontologie, analýzy stravy a ochrany přírody. Celkově se práce zaměřuje na posouzení potenciálu metabarcodingu jako efektivního nástroje a mohla by sloužit jako počáteční vodítko pro ty, kteří mají zájem využít metabarcodingu pro svou vědeckou práci. Klíčová slova: metabarcoding, eDNA, molekulární markery, NGS, bioinformatika, biodiverzita.
|
|
|
Biodiversity of Myxozoa based on extensive screening of fish and environmental samples
LISNEROVÁ, Martina
Myxozoans represent a group of morphologically simplified endoparasites infecting mainly fish, annelid and bryozoan hosts including more than 2,600 nominal species. However, the diversity seems to be unexplored and undervalued. Host searching and invasive dissection is a commonly used method for the identification of myxozoan species diversity. Metabarcoding and amplicon analyses of environmental DNA from sediment, water and soil is developing approach for biodiversity assessment and have been performed in many biological areas to identify the diversity of organisms, communities and populations. Using classical morphological and molecular approaches, we explored the myxozoan diversity in selected areas and host groups. In addition, we propose a new methodological approach for the studying of myxozoan diversity based on environmental DNA from sediment and amplicon sequencing. Illumina Mi-Seq with metabarcoding and newly designed primer sets is suitable for analyzing myxozoan communities without the need to find and capture intermediate or final hosts.
|
|
|
Využití environmentální DNA pro detekci vodních bezobratlých
Bílek, Marek ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Černý, Martin (oponent)
Environmentální DNA (eDNA) je genetická informace uvolněna z jedince do okolí. Zejména ve vodním prostředí je množství detekovatelné DNA v mnoha případech dostačující k tomu, aby dokázalo potvrdit či vyvrátit přítomnost hledaného organismu. Metoda, jak tuto DNAve vodním prostředíodebírata dáles ní pracovat,se neustále rozvíjí a přináší nové poznatky. Zejména v oblasti vodních obratlovců jsou v aktuálních výzkumech velmi dobré výsledky, které mnohdy odpovídají skutečnosti více, než je tomu při tradičních metodách odchytu. Oproti tomu výzkum na téma vodních bezobratlých pomocí detekce eDNA je upozaděn, a to zejména z důvodu, že produkce eDNA u bezobratlých obecně je mnohem nižší, než je tomu například u ryb a obojživelníků, kde největší množství eDNA je uvolněno v podobě slizu. V této práci se zaměřuji na vlastnosti eDNA ve vodním prostředí, na biotické a abiotické faktory, které ovlivňují trvanlivost detekovatelné DNA. Dále se zmiňuji o produkci DNA vodních bezobratlých,o možnostech sběrua o laboratorníchpostupechjejího zpracování, porovnávám různé přístupy vědeckých týmů v odkazovaných výzkumech a upozorňuji nanejčastější problémy.V závěrupráceporovnávámvýsledky aktuálních pracís výsledky odchytu, který až do vytvoření této metody byl víceméně jedinou možnou, i když agresivní, metodou sběru dat o...
|
|
|
Chemie lineárních polynitraminů
Teplá, Romana ; Bednařík, Karel (oponent) ; Friedl, Zdeněk (vedoucí práce)
Práce je zaměřena na chemii lineárních polynitraminů, jejich fyzikálně-chemické a výbušinářské vlastnosti s ohledem na možnosti jejich přípravy a oblasti použití jako energetických plastifikátorů tuhých propelentů a jako přísady do bezdýmých prachů. Použití lineárních polynitraminů jako plastifikátorů nebo energetických pojiv je ovlivňováno teplotou tání, která roste s počtem C-N(NO2)-C skupin v molekule energetického materiálu. Lineární polynitraminy s nižší teplotou tání se používají jako plastifikátory tuhých propelentů a přísady do bezdýmých prachů. Lineární polynitraminy s delším řetězcem a odpovídající vyšší teplotou tání jsou potenciálně použitelné jako pojiva, případně energetické složky raketových propelentů.
|
host ::
RSS.